Pepe voltou ao FC Porto em janeiro de 2019 e naturalmente que nessa temporada (2018/2019) não esteve na jornada inaugural da Liga portuguesa - jogava no Besiktas, da Turquia. Contudo, nas quatro épocas seguintes, o capitão do FC Porto esteve sempre presente no onze na ronda inaugural do campeonato, o que não vai suceder agora, em Moreira de Cónegos. Gil Vicente (2019/20), SC Braga (2020/21), B SAD (2021/2022) e Marítimo (2022/2023) foram os adversários de Pepe nas primeiras jornadas de cada época. Expulso na Supertaça com o Benfica por causa de joelhada a Jurásek, Pepe vai ver o jogo nos camarotes.
